The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics
Ann M Mc Cartney
(1)
,
Giulio Formenti
,
Alice Mouton
,
Diego de Panis
,
Luísa S Marins
,
Henrique G Leitão
,
Genevieve Diedericks
,
Joseph Kirangwa
,
Marco Morselli
,
Judit Salces-Ortiz
,
Nuria Escudero
,
Alessio Iannucci
,
Chiara Natali
,
Hannes Svardal
,
Rosa Fernández
,
Tim de Pooter
,
Geert Joris
,
Mojca Strazisar
,
Jo Wood
,
Katie E Herron
,
Ole Seehausen
,
Phillip C Watts
,
Felix Shaw
,
Robert P Davey
,
Alice Minotto
,
José M Fernández
,
Astrid Böhne
,
Carla Alegria
,
Tyler Alioto
,
Paulo C Alves
,
Isabel R Amorim
,
Jean-Marc Aury
,
Niclas Backstrom
,
Petr Baldrian
,
Laima Baltrunaite
,
Endre Barta
,
Bertrand Bed’hom
(2)
,
Caroline Belser
,
Johannes Bergsten
,
Laurie Bertrand
,
Helena Bilandžija
,
Mahesh Binzer-Panchal
,
Iliana Bista
,
Mark Blaxter
,
Paulo Av Borges
,
Guilherme Borges Dias
,
Mirte Bosse
,
Tom Brown
,
Rémy Bruggmann
,
Elena Buena-Atienza
,
Josephine Burgin
,
Elena Buzan
,
Nicolas Casadei
,
Matteo Chiara
,
Sergio Chozas
,
Fedor Čiampor
,
Angelica Crottini
,
Corinne Cruaud
,
Fernando Cruz
,
Love Dalen
,
Alessio de Biase
,
Javier del Campo
,
Teo Delić
,
Alice B Dennis
,
Martijn Fl Derks
,
Maria Angela Diroma
,
Mihajla Djan
,
Simone Duprat
,
Klara Eleftheriadi
,
Philine Gd Feulner
,
Jean-François Flot
,
Giobbe Forni
,
Bruno Fosso
,
Pascal Fournier
,
Christine Fournier-Chambrillon
,
Toni Gabaldon
,
Shilpa Garg
,
Carmela Gissi
,
Luca Giupponi
,
Jèssica Gómez-Garrido
,
Josefa González
,
Miguel L Grilo
,
Bjoern Gruening
,
Thomas Guérin
,
Nadège Guiglielmoni
,
Marta Gut
,
Marcel P Haesler
,
Christoph Hahn
,
Balint Halpern
,
Peter Harrison
,
Julia Heintz
,
Maris Hindrikson
,
Jacob Höglund
,
Kerstin Howe
,
Graham Hughes
,
Benjamin Istace
,
Mark J Cock
(3, 4, 5, 6)
,
Franc Jancekovic
,
Zophonías O Jónsson
,
Sagane Joye-Dind
,
Janne J Koskimaki
,
Boris Krystufek
,
Justyna Kubacka
,
Heiner Kuhl
,
Szilvia Kusza
,
Karine Labadie
,
Meri Lahteenaro
,
Henrik Lantz
,
Anton Lavrinienko
,
Lucas Leclère
,
Ricardo Jorge Lopes
,
Ole Madsen
,
Ghislaine Magdelenat
,
Giulia Magoga
,
Tereza Manousaki
,
Tapio Mappes
,
João P Marques
,
Gemma I Martinez Redondo
,
Florian Maumus
,
Hendrik-Jan Megens
,
José Melo-Ferreira
,
Sofia L Mendes
,
Matteo Montagna
,
João Moreno
,
Mai-Britt Mosbech
,
Monica Moura
,
Zuzana Musilova
,
Eugene Myers
,
Will J Nash
,
Alexander Nater
,
Pamela Nicholson
,
Manuel Niell
,
Reindert Nijland
,
Benjamin Noel
,
Karin Norén
,
Pedro H. Oliveira
(7, 8, 9)
,
Remi-Andre Olsen
,
Lino Ometto
,
Stephan Ossowski
,
Vaidas Palinauskas
,
Snæbjörn Pálsson
,
Jerome P Panibe
,
Joana Paupério
,
Martina Pavlek
,
Emilie Payen
,
Julia Pawłowska
,
Jaume Pellicer
,
Graziano Pesole
,
Joao Pimenta
,
Martin Pippel
,
Anna Maria Pirttilä
,
Nikos Poulakakis
,
Jeena Rajan
,
Ruben Mc Rego
,
Roberto Resendes
,
Philipp Resl
,
Ana Riesgo
,
Patrik Rödin-Mörch
,
André Er Soares
,
Carlos Rodríguez Fernandes
,
Maria M Romeiras
,
Guilherme Roxo
,
Lukas Ruber
,
María José Ruiz-López
,
Urmas Saarma
,
Luis P Silva
,
Manuela Sim-Sim
,
Lucile Soler
,
Vitor C Sousa
,
Carla Sousa Santos
,
Alberto Spada
,
Milomir Stefanović
,
Viktor Steger
,
Josefin Stiller
,
Matthias Stöck
,
Torsten Hugo H Struck
,
Hiranya Sudasinghe
,
Riikka Tapanainen
,
Christian Tellgren-Roth
,
Helena Trindade
,
Yevhen Tukalenko
,
Ilenia Urso
,
Benoit Vacherie
,
Steven M van Belleghem
,
Kees van Oers
,
Carlos Vargas-Chavez
,
Nevena Velickovic
,
Noel Vella
,
Adriana Vella
,
Cristiano Vernesi
,
Sara Vicente
,
Sara Villa
,
Olga Vinnere Pettersson
,
Filip Am Volckaert
,
Judit Vörös
,
Patrick Wincker
,
Sylke Winkler
,
Claudio Ciofi
,
Robert M Waterhouse
,
Camila J Mazzoni
1
Santa Cruz Genomics Institute
2 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
3 CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique
4 SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
5 LBI2M - Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins
6 LBI2M - Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins
7 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
8 UMR 8030 - Génomique métabolique
9 Université Paris-Saclay
2 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
3 CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique
4 SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
5 LBI2M - Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins
6 LBI2M - Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins
7 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
8 UMR 8030 - Génomique métabolique
9 Université Paris-Saclay
Ann M Mc Cartney
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338547
- ORCID : 0000-0003-3191-3200
Giulio Formenti
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338548
- ORCID : 0000-0002-7554-5991
Alice Mouton
- Fonction : Auteur
- PersonId : 755822
- ORCID : 0000-0002-0598-8789
Diego de Panis
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338549
- ORCID : 0000-0002-3679-9585
Luísa S Marins
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338550
- ORCID : 0000-0002-5931-3533
Henrique G Leitão
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338551
- ORCID : 0000-0002-9212-4590
Genevieve Diedericks
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338552
- ORCID : 0000-0001-7700-8906
Joseph Kirangwa
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338553
- ORCID : 0000-0002-9393-0500
Marco Morselli
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338554
- ORCID : 0000-0003-3351-5791
Judit Salces-Ortiz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338555
- ORCID : 0000-0002-3572-4020
Nuria Escudero
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338556
- ORCID : 0000-0002-9131-0674
Alessio Iannucci
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338557
- ORCID : 0000-0001-7729-4412
Chiara Natali
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338558
- ORCID : 0000-0002-0293-171X
Hannes Svardal
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338559
- ORCID : 0000-0001-7866-7313
Rosa Fernández
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338560
- ORCID : 0000-0002-4719-6640
Tim de Pooter
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338561
- ORCID : 0000-0002-1097-5464
Geert Joris
- Fonction : Auteur
Mojca Strazisar
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338562
- ORCID : 0000-0001-8046-3408
Jo Wood
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257119
- ORCID : 0000-0002-7545-2162
Katie E Herron
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338563
- ORCID : 0009-0004-0021-5113
Ole Seehausen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1331864
- ORCID : 0000-0001-6598-1434
Phillip C Watts
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338564
- ORCID : 0000-0001-7755-187X
Felix Shaw
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338565
- ORCID : 0000-0001-9649-5906
Robert P Davey
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1233434
- ORCID : 0000-0002-5589-7754
Alice Minotto
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338566
- ORCID : 0000-0002-1670-1675
José M Fernández
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338567
- ORCID : 0000-0002-4806-5140
Astrid Böhne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338568
- ORCID : 0000-0002-1284-3115
Carla Alegria
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338569
- ORCID : 0000-0002-9461-4569
Tyler Alioto
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338570
- ORCID : 0000-0002-2960-5420
Paulo C Alves
- Fonction : Auteur
- PersonId : 821600
- ORCID : 0000-0003-4797-0939
Isabel R Amorim
- Fonction : Auteur
- PersonId : 804756
- ORCID : 0000-0001-6847-3320
Jean-Marc Aury
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756899
- IdHAL : jean-marc-aury
- ORCID : 0000-0003-1718-3010
Niclas Backstrom
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338571
- ORCID : 0000-0002-0961-8427
Petr Baldrian
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1254338
- ORCID : 0000-0002-8983-2721
Laima Baltrunaite
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338572
- ORCID : 0000-0002-2059-4884
Endre Barta
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338573
- ORCID : 0000-0002-6753-0714
Bertrand Bed’hom
- Fonction : Auteur
- PersonId : 175179
- IdHAL : bertrand-bedhom
- ORCID : 0000-0002-0825-0886
- IdRef : 168835533
Caroline Belser
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1146293
- IdHAL : caroline-menguy
- ORCID : 0000-0002-8108-9910
Johannes Bergsten
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338574
- ORCID : 0000-0002-6153-4431
Laurie Bertrand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338575
- ORCID : 0000-0002-4550-761X
Helena Bilandžija
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338576
- ORCID : 0000-0002-4922-0149
Mahesh Binzer-Panchal
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338577
- ORCID : 0000-0003-1675-0677
Iliana Bista
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338578
- ORCID : 0000-0002-6155-3093
Mark Blaxter
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338579
- ORCID : 0000-0003-2861-949X
Paulo Av Borges
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1336964
- ORCID : 0000-0002-8448-7623
Guilherme Borges Dias
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338580
- ORCID : 0000-0002-1459-3148
Mirte Bosse
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338581
- ORCID : 0000-0003-2433-2483
Tom Brown
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338582
- ORCID : 0000-0001-8293-4816
Rémy Bruggmann
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1208840
- ORCID : 0000-0001-5629-6363
Elena Buena-Atienza
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338583
- ORCID : 0000-0002-9890-1960
Josephine Burgin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338584
- ORCID : 0000-0002-9818-1094
Elena Buzan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338585
- ORCID : 0000-0003-0714-5301
Nicolas Casadei
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338586
- ORCID : 0000-0003-2209-0580
Matteo Chiara
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338587
- ORCID : 0000-0003-3983-4961
Sergio Chozas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338588
- ORCID : 0000-0001-6741-1259
Fedor Čiampor
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1147508
- ORCID : 0000-0001-6269-3592
Angelica Crottini
- Fonction : Auteur
- PersonId : 762454
- ORCID : 0000-0002-8505-3050
- IdRef : 235612413
Corinne Cruaud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 768749
- ORCID : 0000-0002-4752-7278
Fernando Cruz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338589
- ORCID : 0000-0003-4098-8829
Love Dalen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1148227
- ORCID : 0000-0001-8270-7613
Alessio de Biase
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338590
- ORCID : 0000-0003-0803-3184
Javier del Campo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1223218
- ORCID : 0000-0002-5292-1421
Teo Delić
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1189758
- ORCID : 0000-0003-4378-5269
Alice B Dennis
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338591
- ORCID : 0000-0003-0948-9845
Martijn Fl Derks
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338592
- ORCID : 0000-0003-1317-5654
Maria Angela Diroma
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338593
- ORCID : 0000-0003-1427-8946
Mihajla Djan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338594
- ORCID : 0000-0002-2427-0676
Simone Duprat
- Fonction : Auteur
Klara Eleftheriadi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338595
- ORCID : 0000-0002-9111-1616
Philine Gd Feulner
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338596
- ORCID : 0000-0002-8078-1788
Jean-François Flot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1200924
- ORCID : 0000-0003-4091-7916
Giobbe Forni
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338597
- ORCID : 0000-0003-3669-8693
Bruno Fosso
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338598
- ORCID : 0000-0003-2324-086X
Pascal Fournier
- Fonction : Auteur
Christine Fournier-Chambrillon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338599
- ORCID : 0000-0002-9365-231X
Toni Gabaldon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802432
- ORCID : 0000-0003-0019-1735
Shilpa Garg
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338600
- ORCID : 0000-0003-0200-4200
Carmela Gissi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338601
- ORCID : 0000-0002-2269-079X
Luca Giupponi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338602
- ORCID : 0000-0001-9618-1114
Jèssica Gómez-Garrido
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338603
- ORCID : 0000-0001-6409-8009
Josefa González
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1099403
- ORCID : 0000-0001-9824-027X
- IdRef : 203070569
Miguel L Grilo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338604
- ORCID : 0000-0001-7364-821X
Bjoern Gruening
- Fonction : Auteur
- PersonId : 784034
- ORCID : 0000-0002-3079-6586
Thomas Guérin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338605
- ORCID : 0009-0003-7488-3678
Nadège Guiglielmoni
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1251317
- ORCID : 0000-0002-6185-1592
Marta Gut
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764586
- ORCID : 0000-0002-4063-7159
Marcel P Haesler
- Fonction : Auteur
Christoph Hahn
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769861
- ORCID : 0000-0003-4265-4793
Balint Halpern
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338606
- ORCID : 0000-0003-0934-6246
Peter Harrison
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338607
- ORCID : 0000-0002-4007-2899
Julia Heintz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338608
- ORCID : 0009-0001-9345-1358
Maris Hindrikson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338609
- ORCID : 0000-0001-8094-1860
Jacob Höglund
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338610
- ORCID : 0000-0002-5840-779X
Kerstin Howe
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1287238
- ORCID : 0000-0003-2237-513X
Graham Hughes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338611
- ORCID : 0000-0003-3088-345X
Benjamin Istace
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1107165
- IdHAL : benjamin-istace
- ORCID : 0000-0003-1042-4803
Mark J Cock
- Fonction : Auteur
- PersonId : 184497
- IdHAL : j-mark-cock
- ORCID : 0000-0002-2650-0383
- IdRef : 113742665
Franc Jancekovic
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338612
- ORCID : 0000-0002-7950-3780
Zophonías O Jónsson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338613
- ORCID : 0000-0001-5798-9647
Sagane Joye-Dind
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338614
- ORCID : 0000-0003-4771-6113
Janne J Koskimaki
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338615
- ORCID : 0000-0001-8241-3500
Boris Krystufek
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338616
- ORCID : 0000-0002-8797-1840
Justyna Kubacka
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338617
- ORCID : 0000-0003-1211-8324
Heiner Kuhl
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1261722
- ORCID : 0000-0001-7623-9227
Szilvia Kusza
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338618
- ORCID : 0000-0002-5441-5303
Karine Labadie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757912
- ORCID : 0000-0001-7467-8509
- IdRef : 089020235
Meri Lahteenaro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338619
- ORCID : 0000-0001-9868-3134
Henrik Lantz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1233435
- ORCID : 0000-0003-2419-0075
Anton Lavrinienko
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338620
- ORCID : 0000-0002-9524-8054
Lucas Leclère
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744720
- IdHAL : lucas-leclere
- ORCID : 0000-0002-7440-0467
- IdRef : 136388434
Ricardo Jorge Lopes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1194069
- ORCID : 0000-0003-2193-5107
Ole Madsen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338621
- ORCID : 0000-0001-8082-7881
Ghislaine Magdelenat
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338622
- ORCID : 0009-0003-3152-2880
Giulia Magoga
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1221118
- ORCID : 0000-0002-0662-5840
Tereza Manousaki
- Fonction : Auteur
- PersonId : 784023
- ORCID : 0000-0001-7518-0542
Tapio Mappes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338623
- ORCID : 0000-0002-5936-7355
João P Marques
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338624
- ORCID : 0000-0001-9834-1361
Gemma I Martinez Redondo
- Fonction : Auteur
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Florian Maumus
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Hendrik-Jan Megens
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José Melo-Ferreira
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Sofia L Mendes
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Matteo Montagna
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João Moreno
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Mai-Britt Mosbech
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Monica Moura
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Zuzana Musilova
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Will J Nash
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Pedro H. Oliveira
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Robert M Waterhouse
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Camila J Mazzoni
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Résumé
A global genome database of all of Earth’s species diversity could be a treasure trove of scientific discoveries. However, regardless of the major advances in genome sequencing technologies, only a tiny fraction of species have genomic information available. To contribute to a more complete planetary genomic database, scientists and institutions across the world have united under the Earth BioGenome Project (EBP), which plans to sequence and assemble high-quality reference genomes for all ∼1.5 million recognized eukaryotic species through a stepwise phased approach. As the initiative transitions into Phase II, where 150,000 species are to be sequenced in just four years, worldwide participation in the project will be fundamental to success. As the European node of the EBP, the European Reference Genome Atlas (ERGA) seeks to implement a new decentralised, accessible, equitable and inclusive model for producing high-quality reference genomes, which will inform EBP as it scales. To embark on this mission, ERGA launched a Pilot Project to establish a network across Europe to develop and test the first infrastructure of its kind for the coordinated and distributed reference genome production on 98 European eukaryotic species from sample providers across 33 European countries. Here we outline the process and challenges faced during the development of a pilot infrastructure for the production of reference genome resources, and explore the effectiveness of this approach in terms of high-quality reference genome production, considering also equity and inclusion. The outcomes and lessons learned during this pilot provide a solid foundation for ERGA while offering key learnings to other transnational and national genomic resource projects.
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